Nedenstående er hentet fra Hatsumi Masaakis bøger, "Zenkoku ninpo zukan" (japansk) og "The way of the Ninja - Secret Techniques", hvor man kan læse mere om historien bag ninjutsu.

Der er mange teorier om, hvordan ninjutsu opstod. Nogle hælder til teorien om at immigranter fra Kina havde den ny viden med sig til Japan. Andre henviser til asketer, som levede i bjergene, eller til vagabonder, bønder eller bjergrøvere, buddhistiske munke osv. Der er frit valg blandt forskernes mangeartede fortolkninger af gamle tekster. Bøger om ninjutsu, som tager udgangspunkt i skriftlige kilder, blander alle mulige teorier, og det er ikke til at skelne sandt fra falskt. Måske er det meget passende for ninjutsu at have en så på en gang rig og uklar historie. Når man tager i betragtning, at selve overleveringen af ninjutsu skete mundligt fra generation til generation og blev betragtet som en stor hemmelighed, så virker det helt selvfølgeligt, at det som er nedfældet i bøger kun kan være de mest overfladiske aspekter. Den personlige overlevering gennem ånd og handling udgjorde den virkelige lære.

Ifølge de overleverede skriftruller for Togakure-ryu, blev denne tradition grundlagt af Togakure Daisuke i slutningen af det 11. århundrede. Som 16-årig deltog han i et hårdt slag, men efter at have kæmpet sig gennem 3000 ryttere, var han såret mange steder og endte med at falde sammen. Han blev reddet af en taoistisk vismand kendt som Kasumi-gakure – ”skjult i tågen” – og undslap sammen med ham til bjergene i Iga. Vismanden accepterede ham med tiden som sin elev og trænede ham i kampkunst, hvilket senere kom til at danne grundlaget for Togakure-ryu ninjutsu.

Sejrherrerne holder ikke op med at angribe, før de har fejet modstanderne af vejen og sikret sig deres nye position, mens de udmattede tabere forsøger at flygte til afsides bjergomdråder. Dette forløb har gentaget sig mange gange i Japans urolige historie. Taberne flygtede til områderne Iga og Koga, hvor de slog sig ned som land-samuraier. Alligevel blev de hårdt forfulgt og så sig således nødsaget til at udvikle og forfine metoder til undvigelse og selvforsvar for at beskytte deres familier og overleve. Det er disse menneskers erfaringer, som med tiden gav liv til ninjutsu.